Att trygga platser där hotade skogsarter lever är ett av de viktigaste målen med naturhänsynen i ekonomiskog. Enligt naturvårdslagen kan en vild art förklaras hotad om dess naturliga fortlevnad i Finland är i fara. Den senaste bedömningen av hotade arter i Finland gjordes 2019. Enligt den lever cirka 2 600 hotade arter i skogliga livsmiljöer. Till de mest hotade organismerna hör arter av lav, svamp och fjärilar.
Det är förbjudet att förstöra eller försämra förekomstplatser som är viktiga för att en art som kräver särskilt skydd skall kunna fortleva. Förbudet träder i kraft när Närings-, trafik- och miljöcentralen har fattat beslut om gränserna för den plats där en art som kräver särskilt skydd förekommer och meddelat skogsägaren. Förutom naturvårdslagen skyddar också jaktlagen och fiskelagen hotade arter.
En lista på hotade arter som är möjliga att beakta i skogsbruket har gjorts upp som ett samarbete inom skogs- och miljöbranscherna för att skogsbranschens aktörer ska kunna använda den. Här har de hotade arterna delats in i två grupper: arter som skyddas i lagen och arter som skyddas frivilligt.
Arter som ingår i EU:s habitatdirektiv, särskilt arter som ska skyddas och fredas enligt detta, är arter som ska tryggas i lag. Andra hotade och missgynnade arter är sådana arter som tryggas på frivillig basis. Arternas fortlevnad kan tryggas genom frivilligt skydd och naturhänsyn, till exempel tillräckligt breda skyddszoner och grupper av naturvårdsträd.
När Skogscentralen får in en anmälan om användning av skog för ett område nära hotade arter skickar Skogscentralen ett meddelande om det till markägaren, innehavaren av avverkningsrätten och den regionala NTM-centralen. Skogsägare kan kontrollera i tjänsten MinSkog.fi om det finns några kända förekomster av hotade arter i deras egen skog.
Speciellt förekomst av flygekorre kan påverka möjligheterna att använda skogen eftersom artens föröknings- och rastplatser inte får förstöras eller försämras. Flygekorren är ett nattaktivt däggdjur som lever i skogen och skyddas av naturvårdslagen. Den bygger vanligtvis sina bon i håligheter i aspar, i ekorrars risbon eller i holkar.
Skogsägaren och innehavaren av avverkningsrätten har ansvar att försäkra sig om att de inte bryter mot förbudet att förstöra eller försämra. NTM-centralen kan vid behov ge råd om hur man ska ta hänsyn till flygekorren vid skogsbruksåtgärder. Flygekorren är skyddad också när myndigheterna inte känner till att den förekommer på ett visst område. Skogscentralen är med i projektet Flygekorre-Life, där målet är att producera anvisningar för hur man tar hänsyn till flygekorren i skogsbruket.
Stora rovfåglars bon och boträd som är i regelbunden användning och tydligt synliga är fridlysta enligt paragraf 39 i naturvårdslagen.