Erityisiä lajiesiintymiä ovat lakisääteisesti suojeltujen ja vapaaehtoisesti turvattavien uhanalaisten ja silmälläpidettävien lajien esiintymäpaikat. Lajiesiintymien turvaaminen tarkoittaa, että lajille on riittävän suotuisat olosuhteet säilyä esiintymäpaikallaan metsänkäsittelyn jälkeen.
Osaa lajiesiintymistä koskee lakisääteinen turvaamisvelvoite. Esimerkiksi suurten petolintujen pesäpuut, jotka ovat säännöllisessä käytössä ja selvästi nähtävissä, ovat luonnonsuojelulain 39 §:n nojalla rauhoitettuja. Liito-orava on EU:n luontodirektiivin ja luonnonsuojelulain perusteella suojeltu laji, jonka lisääntymis- ja levähdyspaikkoja koskee heikentämiskielto. Erityinen laji voi olla myös esimerkiksi lahopuussa kasvava sammal tai kääpä tai erityisellä kasvupaikalla kuten lehdossa kasvava putkilokasvi.
Suurin osa suomalaisista metsänomistajista on mukana metsäsertifioinnissa ja sitoutunut noudattamaan metsäsertifioinnin kriteerejä. Sertifiointijärjestelmiä ovat PEFC- ja FSC-sertifiointi, joista kummatkin velvoittavat säilyttämään uhanalaisten lajien esiintymät metsänkäsittelyn yhteydessä. Sertifiointistandardeissa on lajiesiintymien huomiointiin liittyviä vaatimuksia.
Sopiva menetelmä lajiesiintymien turvaamiseen riippuu lajin elinympäristövaatimuksista ja paikan olosuhteista. Metsätaloustoimenpiteet tulee lajiesiintymillä suunnitella siten, että lajin vaatimat elinympäristötekijät kuten esimerkiksi kostea pienilmasto tai lahopuujatkumo säilyvät.
Lajin säilymisen kannalta tarpeellisen elinympäristön koko vaihtelee lajikohtaisesti ja voi vaihdella yksittäisestä puunrungosta laajempaan metsäalueeseen. Laajempia lajiesiintymiä voidaan turvata vapaaehtoisen suojelun keinoin, jolloin maanomistajalla on mahdollisuus saada suojelusta korvausta.
Metsänomistajat ja metsätalouden toimijat hyödyntävät ympäristöhallinnon ylläpitämää tietoa uhanalaisten lajien esiintymistä talousmetsissä. Metsäorganisaatioiden tietojärjestelmistä tai Metsään.fi-palvelusta saadaan tietoa uhanalaisten lajien tiedossa olevista esiintymistä. Suomen Lajitietokeskus on kerännyt suomalaista lajitietoa avoimeen Laji.fi-palveluun.
Metsäkeskus lähettää tiedossaan olevien uhanalaisten lajien elinympäristöihin tai niiden läheisyyteen kohdentuvista metsänkäyttöilmoituksista tiedon maaomistajalle, hakkuuoikeuden haltijalle sekä alueelliselle ELY-keskukselle. Metsänomistaja saa tietoa, kuinka uhanalaisen lajien elinympäristö tulee huomioida toimenpiteessä.