Monimuotoisuudelle tärkeät luontokohteet ovat muusta metsäluonnosta erottuvia, yleensä pienialaisia kohteita. Näiden kohteiden keskeiset ominaispiirteet liittyvät kosteus-, valo- ja lämpöolosuhteisiin, maaperän ominaisuuksiin, puuston rakennepiirteisiin ja elinympäristön luonnontilaisuuteen tai sen kaltaisuuteen. Monimuotoisuudelle tärkeillä luontokohteilla elää kyseisiin olosuhteisiin erikoistunutta vaateliasta lajistoa. Tärkeiden luontokohteiden huomioiminen ja säilyttäminen on siten biologisen monimuotoisuuden turvaamisen kannalta keskeinen luonnonhoitotoimi.
Tärkeitä luontokohteita metsissä ovat esimerkiksi pienvedet ja niiden lähiympäristöt, rehevät korvet, lehtolaikut, jyrkänteet alusmetsineen, karut kalliot ja kivikot, harjujen paahderinteet, supat ja luonnontilaiset suot. Osa luontokohteista on niiden monimuotoisuuden tai lajiston kannalta niin merkittäviä, että ne on turvattu metsä- tai luonnonsuojelulailla.
Metsäluonnossa on lainsäädännöllä turvattujen lisäksi myös muita arvokkaita elinympäristöjä. Ne ovat vapaaehtoisen suojelun kannalta tärkeitä kohteita ja myös niiden yhteyteen on hyvä kohdentaa talousmetsien luonnonhoitotoimia. Monimuotoisuudelle tärkeät rakennepiirteet kuten lahopuusto, vanhat puuyksilöt, monilajinen lehtipuusto, jalot lehtipuut, palanut puu, puuston erirakenteisuus, lehtoisuus, pohjavesivaikutus tai soistuneisuus lisäävät luontokohteen monimuotoisuusarvoa ja lajistoa.
Suurin osa suomalaisista metsänomistajista on mukana metsäsertifioinnissa ja sitoutunut noudattamaan metsäsertifioinnin kriteerejä. Sertifiointijärjestelmiä ovat PEFC- ja FSC-sertifiointi ja kummankin tavoitteena on turvata monimuotoisuudelle tärkeitä luontokohteita lakisääteisiä elinympäristöjä laajemmin. Sertifiointistandardeissa on lueteltu joukko metsätaloudessa turvattavia elinympäristötyyppejä.
Luontoarvojen turvaaminen on osa kokonaiskestävää metsätaloutta. Luontoarvot voi huomioida metsässään parhaiten jättämällä sekä lainsäädännöllä turvatut että muut arvokkaat elinympäristöt metsän käsittelyn ulkopuolelle. Monimuotoisuudelle tärkeiden elinympäristöjen luontoarvojen säilymistä voidaan tukea kohdentamalla talousmetsien luonnonhoitokeinoja kuten esimerkiksi säästöpuuryhmiä tai suojavyöhykkeitä niiden läheisyyteen.
Elinympäristöjä voidaan turvata vapaaehtoisen suojelun keinoin, jolloin maanomistajalla on mahdollisuus saada suojelusta myös korvausta. Elinympäristöjen tilaa voidaan parantaa aktiivisen luonnonhoidon keinoin, muun muassa ennallistamalla suoluontoa, kunnostamalla lähteitä tai hoitamalla lehtometsää.