METSO-ohjelma toteutus perustuu maanomistajien vapaaehtoisuuteen, mutta kun ohjelmaan tarjottujen kohteiden määrä ylittää toteutukseen varatut resurssit, tulee päätöksentekijöillä olla keinoja valita tarjonnasta ohjelmaa parhaiten toteuttavat kohteet tai toisaalta suunnata ohjelman markkinointia tietyn tyyppisten kohteiden löytymiseksi.
Ekologiset päätösanalyysiohjelmistot, esimerkiksi Helsingin yliopistossa kehitetty Zonation , tarjoavat mahdollisuuden tunnistaa luonnonarvoiltaan merkittävimmät tai vähämerkityksisemmät alueet . Zonation-analyysillä voidaan hallita isoja aineistoja ja tarkastella laajoja pinta-aloja. Tulosten käyttökelpoisuuteen vaikuttaa lähtötietojen laatu.
Zonation-ohjelmistolla tuotetut analyysit tuottavat karttatulosteita sekä tilasto- ja vertailutietoa. Ohjelma ei tuota yhtä ”oikeaa” tietoa kohteen hyvyydestä, vaan tietoa voidaan käyttää päätöksenteossa muiden tietojen rinnalla.
Metsähallituksen koordinoimassa Zonation METSOn totetuksen tukena (MetZo) –projektissa tehdään tutkimus- ja kehittämistyötä ekologisen päätösanalyysin hyödyntämiseksi. Yhteistyössä em. projektin kanssa suunnitellaan ja toteutetaan aluekohtaiset analyysit koko METSO-ohjelman toiminta-alueelle. Etelä-Savo on ollut Zonation-ohjelmiston käytön pilottialueena. Kaikkiin maakuntiin analyysit tehdään Etelä-Savossa vuoden 2012 aikana. Metsäkeskuksen alueyksiköt ja ELY-keskukset hyödyntävät analyysejä suojelusopimusten ja luonnonhoitotöiden suuntauksessa, ja METSO-yhteistyöryhmä ohjelman toteutuksen seurannassa.