Pohjanmaan rannikolla ongelmallinen maaperän happamuuden aiheuttama vesistökuormitus muodostuu pääasiassa pelto- ja metsämaiden ojituksista. Merestä kohonneilla sedimentoitumisalueilla on runsaasti rikkiä sisältäviä sulfidimaita. Kun sulfidimaat hapettuvat esimerkiksi ojituksen tai pohjaveden pinnan laskiessa jonkin muun syyn takia, syntyy rikkihappoa tuottamia varsinaisia happamia sulfaattimaita. Sateet puolestaan huuhtovat rikkihappoa vesistöihin ja näissä tilanteissa tapahtuu myös maaperän metallien vapautumista. Happamuus ja metallit yhdessä aiheuttavat pahimmillaan kalakuolemia ja muun vesieliöstön tuhoutumista.

Peltomaiden happaamuuden torjunnasta on meneillään useita tutkimushankkeita, sen sijaan metsämaiden happamuusongelmia ja niiden hallintaa on Suomessa selvitetty vain vähän. Perhonjoen alaosan happamuuden hallinta-hankkeella pyritään löytämään ratkaisuja ja tekniikoita metsien kunnostusojitusten suunnitteluun ja toteutukseen siten, että happamuushaitat voidaan välttää. Hakkeella pyritään kehittämään metsäojitusten suunnittelijoille työkaluja, joilla riskialueet pystytään tunnitamaan ja huomioimaan ojitusten toteutuksessa.

Perhonjoen alaosan happamuuden hallinta-hanke toteutetaan ajalla 2011-2013 yhteistyössä Kokkolan kaupungin kanssa. Hanketta rahoittaa EU (Euroopan aluekehitysrahasto), Kokkolan kaupunki sekä Perhonjokirahasto.