Metsäohjelman monimuotoisuustavoitteena on lisätä metsien monimuotoisuutta toteuttamalla METSO-ohjelmaa.  Ympäristötukea myönnettiin 2343 hehtaarin alalle (1,131 milj. €) vuonna 2010.  Noin 0,6 milj. € ympäristötukikorvauksia jäi maksettavaksi vuodelle 2011. ELY-keskus toteutti METSO-ohjelmaa ostamalla 207  hehtaaria yksityismaita suojeluun ja perustamalla yksityismaiden luonnonsuojelu-alueita 30 hehtaaria.  Tämän lisäksi ELY-keskus toteutti metsähallituksen kanssa 920 ha vanhoja suojeluohjelmia.

Talousmetsien monimuotoisuutta pyritään parantamaan lisäämällä metsissä lahopuun määrää. Säästöpuita jätettiin uudistushakkuualoille metsäsertifiointikriteerin edellyttämä määrä noin 2 m³/ha. Monimuotoisuuden kannalta arvokkaat luontokohteet säilyivät hakkuissa erittäin hyvin.

Metsäohjelman vesiensuojelun tavoitteena on, että metsätalous ei heikennä pinta- ja pohjavesien tilaa. Kunnostusojituksissa lisätään kiintoaineen laskeutuksen lisäksi kuivatusvesien suodatukseen perustuvia ratkaisuja. Hankesuunnitelmista ja vesiensuojelutöiden toteutuksessa ei metsäsertifioinnin auditoinnissa tullut poikkeamaa. Luontolaadun arvioinnin mukaan yksityismaiden puunkorjuussa vesiensuojelu oli toteutettu erittäin hyvin. Maanmuokkauksien vesiensuojelutoimenpiteissä vesiensuojelu onnistui huonommin, sillä joka kymmenes muokkauskohde ei saanut hyvää arvostelua.

Yksityismaiden luonnonhoitohankkeista yli puolet oli erilaisia vesiensuojeluhankkeita.  Monimuotoisuutta metsäkeskus edisti mm. maankohoamisrannikon monimuotoisuuden edistämishankkeella, lettorikon ja tikankontin hoitohankkeella sekä lähteiden kunnostus -hankkeella.