Metsäohjelman monimuotoisuustavoitteena on lisätä metsien monimuotoisuutta toteuttamalla METSO-ohjelmaa.  Metsäkeskus teki  ympäristötukipäätöksiä 1955 hehtaarin alalle (0,98 milj. €) vuonna 2011.  Noin 0,7 milj. € ympäristötukikorvauksia jäi maksettavaksi vuodelle 2012. ELY-keskus toteutti METSO-ohjelmaa ostamalla 761  hehtaaria yksityismaita suojeluun ja perustamalla yksityismaiden luonnonsuojelu-alueita 177 hehtaaria.

Talousmetsien monimuotoisuutta pyritään parantamaan lisäämällä metsissä lahopuun määrää. Säästöpuita jätettiin uudistushakkuualoille sertifiointikriteerin edellyttämä määrä noin 3 m3/ha. Monimuotoisuuden kannalta arvokkaat luontokohteet säilyivät hakkuissa erittäin hyvin.

Metsäohjelman vesiensuojelun tavoitteena on, että metsätalous ei heikennä pinta- ja pohjavesien tilaa. Kunnostusojituksissa lisätään kiintoaineen laskeutuksen lisäksi kuivatusvesien suodatukseen perustuvia ratkaisuja. Hankesuunnitelmista ja vesiensuojelutöiden toteutuksessa ei metsäsertifioinnin auditoinnissa tullut poikkeamaa. Luontolaadun arvioinnin mukaan yksityismaiden puunkorjuussa ja maanmuokkkauksissa vesiensuojelu oli toteutettu erittäin hyvin.

Yksityismaiden luonnonhoitohankkeet olivat  valtaosin erilaisia vesiensuojeluhankkeita.  Monimuotoisuutta metsäkeskus edisti mm. harjujen, lettorikon ja tikankontin hoitohankkeella sekä lähteiden kunnostus-hankkeella.