Pohjois-Karjalan metsistä on tiukasti suojeltua 42 000 hehtaaria, joka on vajaa 3 prosenttia metsäalasta. Tiukasti lailla suojeltuihin alueisiin kuuluvat mm. kansallis- ja luonnonpuistot, soidensuojeluohjelmaan ja vanhojen metsien suojeluohjelmaan kuuluvat metsät. Näitä metsiä ei hakata eikä hoideta, palontorjunnasta kuitenkin huolehditaan. Kansallispuistoja Pohjois-Karjalassa on kolme: Patvinsuo ja Koli sijaitsevat pääosin Lieksassa ja Petkeljärvi Ilomantsissa.

Sellaisia metsiä, joissa hakkuut ovat mahdollisia, mutta metsiä ensisijainen käytetään virkistykseen tai suojeluun, on noin 54 000 hehtaaria. Tällaisia metsiä ovat esimerkiksi Ruunaan retkeilyalue ja virkistyskäyttöön varatut kaupunkien lähimetsät. Myös moni maanomistaja on säästänyt osan metsästään, vaikka siitä ei ole erillistä korvausta maksettukaan.

Metsälaki suojelee luonnon monimuotoisuuden kannalta erityisen arvokkaat, ympäristöstään selvästi erottavat pienialaiset kohteet. Ne tulee säästää niin, että niiden arvo monimuotoisuuden kannalta säilyy.

Tyypillisimpiä metsälakikohteita ovat luonnontilaiset puronvarret ja metsälammet rantoineen, pienet luonnontilaiset avosuot ja jyrkänteiden alusmetsät. Metsälakikohteita on maakunnassa yhteispinta-alaltaan vajaat 15 000 hehtaaria ja yhden kohteen koko on keskimäärin alle hehtaarin. Muita arvokkaita elinympäristöjä, mutta luonnontilaltaan jo hieman muuttuneita kohteita, on yli 25 000 hehtaaria. Nekin säästetään hakkuiden yhteydessä.

Yksityinen metsänomistaja, jonka maalla on metsälakikohde, voi saada ympäristötukea taloudellisten menetysten korvaamiseen. Yleensä ympäristötukikohde rajataan niin, alue on metsälakikohdetta laajempi. Ympäristötukipäätöksiä on tehty vuoden 2010 loppuun yli 1500 hehtaarin alalle ja yhden ympäristötukikohteen koko on ollut keskimäärin hieman alle kolme hehtaaria.

Metsäluonnon monimuotoisuutta voidaan lisätä myös luonnonhoitohankkeilla. Luonnonhoitohankkeita ovat esimerkiksi erilaiset vesiensuojeluhankkeet ja elinympäristöjen hoitohankkeet. Luonnonhoitohakkeisiin on käytetty viime vuosina vuosittain valtion kemera-rahoitusta 200 000–320 000 euroa.