Pirkanmaan metsissä ei ole viime vuosina ilmennyt vakavia, laaja-alaisia metsätuhoja. Poikkeuksen tähän hyvään kehitykseen aiheuttivat myyrät vuonna 2009 tehden runsaasti tuhojaan taimikoissa. Tuolloin metsänomistajat hakivat tukea myyrätuhoalueiden viljelyyn noin 1200 hehtaarin alalle. Hirvien aiheuttamat metsävahingot ovat laskeneet puoleen 2000-luvun alkupuolen huippuarvoista. Keskimäärin hirvituhoja on esiintynyt runsaan 300 hehtaarina alla vuosittain.Kaiken kaikkiaan vakavaksi luokiteltuja tuhoja on esiintynyt noin 2 % alalla puuntuotannon metsämaasta.

Sienitaudeista suurinta taloudellista vahinkoa aiheuttaa kuusen juurikääpä. Se tekee tuhoaan varttuneissa, varsinkin rehevän maan kuusikoissa. Sieni lahottaa elävän kuusen ytimen ontoksi niin, että runko ei enää kelpaa tukkipuuksi. Juurikääpää esiintyy koko eteläisessä Suomessa. Sitä torjutaan käsittelemällä kesäaikaisissa hakkuissa kannot torjunta-aineella tai nostamalla kannot saastuneelta uudistusalalta. Puuston kasvun perusteella arvioiden Pirkanmaan metsät ovat terveitä ja hyväkasvuisia. Ilmansaasteiden vaikutuksista metsiin ei ole merkkejä.