Lounais-Suomen metsät ovat pääosin varsin terveitä ja hyväkasvuisa. Metsikön laatua alentavia tuhoja on joka viidennellä metsähehtaarilla.

Sienitaudeista suurinta taloudellista vahinkoa aiheuttaa kuusen juurikääpä, jota esiintyy koko Lounais-Suomessa.

2000-luvulla hyönteistuhot ovat runsastuneet Lounais-Suomessa. Ruskomäntypistiäiset ovat syöneet männyn neulasia Vakka-Suomessa, Salossa ja Pohjois-Satakunnassa. Porissa tähtikudospistiäinen on tappanut mäntyjä satojen hehtaarien alalla.

Myrskyt aiheuttavat suurimmat vakuutuksista korvattavat tuhot, mutta niiden määrät vaihtelevat vuosittain. Viime vuosina ei ole esiintynyt merkittäviä myrskytuhoja. Myös mittavilta metsäpaloilta on Lounais-Suomessa vältytty.

Myrskytuhojen jälkeen yleisimpiä ovat selkärankaisten aiheuttamat tuhot ja pahin yksittäinen tuhonaiheuttaja on hirvi. Korvauksia hirvituhoista on maksettu vuosittain keskimäärin 380 hehtaarille taimikoita ja maksettu summa on ollut yli 200 000 euroa vuodessa. Todelliset  vahingot paljon korvattuja määriä suuremmat.

Myyrätuhot vaihtelevat jaksollisesti. Talvella 2008 – 2009 oli pitkään aikaan pahimmat myyrätuhot. Uudelleen viljelemään jouduttiin 1500 ha.

Merkittäviä ilmansaastetuhoja ei ole.