Lounais-Suomen metsistä on suojeltu 30 000 hehtaaria eli 2,9 prosenttia metsä- ja kitumaan pinta-alasta. Tiukasti suojeltuihin metsiin kuuluvia kansallispuistoja Lounais-Suomessa on viisi: Puurijärvi-Isosuo, Kurjenrahka, Pohjankangas-Kauhaneva, Lauhanvuori ja uusimpana Selkämeren kansallispuisto. Luonnonpuistoja on kaksi: Vaskijärvi ja Häädetkeidas.

Sellaisia metsiä, joissa hakkuut ovat mahdollisia, mutta metsiä ensisijaisesti käytetään virkistykseen tai suojeluun, on myös noin 15000 hehtaaria. Tällaisia metsiä ovat esimerkiksi virkistyskäyttöön varatut kaupunkien lähimetsät. Tämän lisäksi myös moni maanomistaja on säästänyt osan metsästään, vaikka siitä ei ole erillistä korvausta maksettukaan.

Lounais-Suomessa tyypillisimpiä metsälakikohteita ovat luonnontilaiset puronvarret ja metsälammet rantoineen, pienet luonnontilaiset avosuot ja jyrkänteiden alusmetsät. Metsälakikohteiden yhteispinta-ala on 4000 hehtaaria ja kohteen keskikoko on puoli hehtaaria. Metsälakikohteiden kaltaisia, mutta luonnontilaltaan jo hieman muuttuneita kohteita on myös 4300 hehtaaria. Nekin säästetään hakkuiden yhteydessä.

Ympäristötukipäätöksiä on vuosittain tehty noin 100 hehtaarin alalle.

Luonnonhoitohakkeisiin on käytetty vuosittain valtion Kemera-rahoitusta noin 200 000 euroa.