Etelä-Suomen metsien monimuotoisuusohjelman eli METSO:n toteutustabhaittaa käytettävissä olevien rahojen vähyys. Uusia ympäristötukisopimuksia tehtiin 200 hehtaaria, kun METSO-ohjelman toteutuminen edellyttäisi noin 500 hehtaarin vuotuista sopimusalaa. Ympäristötukirahasta ison osan vievät vuosituhannen alussa tehdyt 30-vuoden sopimukset, joiden toiset maksatuserät tulivat maksuun.

Metsäkeskus on käyttänyt kaiken METSO-ohjelman luonnonhoitoon tuoman lisärahoituksen ympäristötukisopimuksiin. Silti vuoden 2010 lopussa maksamattomia ympäristötukisopimuksia oli lähes 500 000 euroa.

Luonnonhoitohankkeisiin käytettiin noin 200 000 euroa. Luonnonhoitohankkeilla on parannettu vanhojen ojitusalojen vesiensuojelua, kunnostettu lähteitä ja edistetty metsäalan toimijoiden yhteistyötä metsäluontohankkeissa. Luonnonhoitohankkeisiin on sisältynyt myös ennallistamistöitä joitain kymmeniä hehtaareita.

ELY-keskus perusti METSO-rahoituksella uusia luonnonsuojelualueita lähes 300 hehtaaria, joista noin puolet hankittiin valtiolle ja puolet jäi yksityisiksi luonnonsuojelualueiksi. METSO-ohjelman tavoitteena on perustaa vuoden 2016 loppuun mennessä uusia luonnonsuojelualueita 8000 hehtaaria. Nykyrahoitukselle tästä voidaan saavuttaa noin puolet.

Metsäluonnon monimuotoisuuden eteen tehty työ alkaa myös vaikuttaa. Moni metsälaji on alkanut viime vuosina yleistyä. Erityisesti säästöpuuhaavat ovat parantaneet haavalla elävien lajien elinolosuhteita. Harvinaistuneita lajeja on kuitenkin edelleen hieman enemmän kuin yleistyneitä lajeja. Metsälajien tilanne on kuitenkin parempi kuin monen muun elinympäristön.

Metsänomistajat suhtautuvat myönteisesti vapaaehtoiseen suojeluun, kun siitä maksetaan kunnon korvaus. Koska rahaa on tarvetta vähemmän, on metsäkeskus tehnyt ympäristötukihakemuksiin myös kielteisiä päätöksiä. Näistä päätöksistä metsänomistajat ovat olleet varsin pahoillaan.