Metsäohjelman tavoitteena on lisätä metsien suojelualaa keinoilla, jotka perustuvat metsänomistajien vapaaehtoisuuteen. Metsäkeskuksen toimialueella Etelä-Pohjanmaan ELY-keskus osti valtiolle suojelutarkoituksiin 196 hehtaaria ja perusti yksityismaiden luonnonsuojelualueita 40 hehtaaria. Metsäkeskuksen toimesta tehtiin ympäristötukipäätöksiä 294 hehtaarin alalle. Pysyvän suojelun taso kohosi edellisvuodesta, mutta määräaikaisten ympäristötukisopimusten määrä hieman laski, mikä johtui METSO-ohjelmaan varattujen määrärahojen loppumisesta. METSO-ohjelma onkin alkanut kiinnostaa yhä useampia metsänomistajia.

Talousmetsien monimuotoisuutta pyritään parantamaan lisäämällä metsissä lahopuun, järeiden haapojen ja palaneen puun määrää. Säästöpuita jää uudistushakkuualoille metsäsertifioinnin edellyttämät määrät, mikä vähitellen lisää lahopuuta, vaikka säästöpuiden määrä hieman laskikin edellisvuodesta. Monimuotoisuuden kannalta arvokkaat luontokohteet myös säilyvät hakkuissa hyvin.

Yksi Etelä- ja Keski-Pohjanmaan metsäohjelman päätavoitteista on vesiensuojelun tason parantaminen. Metsäalan toimijoille on järjestetty vuosittain koulutusta. Erityisesti koulutuksessa on kiinnitetty huomioita siihen, että suunnittelijat osaavat huomioida rakenteiden mitoituksessa ja sijoittelussa koko valuma-alueen vesimäärän ja vesiensuojelun tarpeet. Hankesuunnitelmien ja vesiensuojelutöiden taso on parantunut, haasteita kuitenkin todettiin luontolaatutarkastuksissa maanmuokkauksen vesiensuojelussa. Vesiensuojelussa on edelleen kehitetty uusia menetelmiä metsäluonnon hoitohankkeissa ja tiivistetty yhteistyötä ELY-keskusten kanssa.

Luonnonhoitohankkeista suurin osa on erilaisia vesiensuojeluhankkeita, mutta myös METSOn mukaisia metsäluonnon monimuotoisuuden turvaamisen ja lisäämisen hankkeita oli jo 2010 käynnissä 11 kappaletta. Kaikkiaan luonnonhoitohankkeita oli käynnissä 42 kappaletta. Uusia merkittäviä yhteistyöhankkeita on käynnistynyt elinympäristöjen hoidossa mm. purokunnostuksissa ja Kuukkelin elinympäristöjen hoidossa.